To właśnie proces odporności swoistej jest podstawą w szczepieniach ochronnych.
Zaburzenia w systemie odpornościowym mogą wywoływać choroby. Niedobór odporności występuje, kiedy system odpornościowy jest mniej aktywny niż normalnie, wskutek powracających na nowo i zagrażających życiu infekcji. Niedobór odpornościowy może być także wynikiem choroby genetycznej, przykładowo zespołu SCID, może być spowodowany środkami farmaceutycznymi albo zakażeniem (zespół nabytego niedoboru odporności (AIDS) powodowany jest retrowirusem HIV. W przeciwieństwie do chorób autoimmunologicznych, wynikających z hiperaktywności układu odpornościowego, atakującego własne, normalne tkanki, jakby były one obcymi organizmami. Powszechne choroby autoimmunologiczne obejmują reumatoidalne zapalenie stawów, cukrzycę typu 1, toczeń rumieniowaty układowy, zapalenie tarczycy Hashimoto.