28 lipca 1920 został przeniesiony z Dowództwa Okręgu Etapowego „Prużany” na stanowisko Okręgowego Inspektora Armii Ochotniczej przy Dowództwie Okręgu Generalnego „Kraków”. Z dniem 1 maja 1921 został przeniesiony w stały stan spoczynku z prawem noszenia munduru, w stopniu pułkownika. Osiadł w Warszawie. 26 października 1923 Prezydent RP Stanisław Wojciechowski zatwierdził go w stopniu generała brygady. Później został zweryfikowany ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 w korpusie generałów. Zmarł 5 kwietnia 1942 w Warszawie. Pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera 18A, rząd 5, grób 20)Wyszukiwarka cmentarna – Warszawskie cmentarze..
Jakub Bohusz-Szyszko był żonaty z Heleną z Witowskich, z którą miał syna Zygmunta Piotra (1893–1982), generała dywizji Wojska Polskiego i Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych w latach 1976–1980 oraz córki: Eugenię (ur. 21 lutego 1887) i Irenę (ur.