Następnie, po dwunastotygodniowej przerwie, w telewizji można było obejrzeć szesnaście kolejnych odcinków trzeciej serii, jednak tym razem o godz. 22. Każdy odcinek trzeciej serii Zagubionych przyciągał przed ekrany średnio ok. 14,6 mln Amerykanów, co dawało siedemnasty wynik wśród aktualnie oglądanych programów, a także dziewiąte miejsce wśród ludzi przedziału wiekowego 18-49.
Pierwszy blok spotkał się ze sporą krytyką, spowodowaną m.in. coraz większą ilością tajemnic oraz pytaniami bez odpowiedzi. Padały również zarzuty o to, iż w odcinkach zbyt mało czasu poświęca się głównym postaciom. John Locke, grany przez Terry’ego O’Quinna, który w drugiej serii był postacią najczęściej pojawiającą się we wszystkich odcinkach, w trzecim sezonie wystąpił w zaledwie trzynastu z dwudziestu dwóch, czyli tylko dwóch więcej niż grający gościnną rolę M.C. Gainey. Drugi blok trzeciej serii powstrzymał nieco krytykę, dostarczając odpowiedzi na część zagadek.