W dniu 8 lipca 2012 przeniósł się do Tottenham Hotspur za kwotę wynoszącą około £ 9,5 mln.
Kariera reprezentacyjna Debiut W reprezentacji Belgii zadebiutował 2 lipca 2007 w przegranym 1:2 meczu z Portugalią.
Eliminacje do Mistrzostw Świata 2010 Podczas eliminacji do Mistrzostw Świata 2010, Jan Vertonghen zaczął umacniać swoją pozycję jako stały zawodnik reprezentacji Belgii, początkowo grając na pozycji środkowego obrońcy jako partner Thomasa Vermaelena, swojego byłego kolegi z Ajaxu.
W sierpniu 2009 roku zdobył swoją pierwszą bramkę w meczu towarzyskim przeciwko Czechom, który zakończył się porażką Belgii 1–3.
7 września 2009 roku, w meczu eliminacyjnym do Mistrzostw Świata przeciwko reprezentacji Hiszpanii, doznał kontuzji palca u nogi i musiał opuścić boisko w 29. minucie przy stanie 0–5.
Często grał na lewej obronie, ponieważ Vermaelen i Vincent Kompany byli preferowanymi środkowymi obrońcami.
26 czerwca 2014 na Mistrzostwach Świata 2014 w trzecim meczu grupowym przeciwko Korei Południowej strzelił zwycięskiego gola na 1:0 tym samym Belgowie zajęli pierwsze miejsce w grupie z kompletem punktów.