Po wybuchu II wojny światowej jako przedstawiciel abp. Twardowskiego prowadził akcje charytatywne, udzielenia pomocy i opieki tysiącom uchodźców napływających do Lwowa, których wspierano w ramach 16 parafii lwowskich. W czasie pierwszej okupacji sowieckiej Lwowa był żołnierzem Związku Walki Zbrojnej i mianowany przez arcybiskupa naczelnym kapelanem ZWZ we Lwowie. Przyjął pseudonim konspiracyjny „Pomian” i w ramach Komendy Okręgu ZWZ we Lwowie objął stanowisko kierownika referatu opieki. Sporządzał także fałszywe metryki dla Polaków uciekających przez granicę z Węgrami na Zachód. 17 kwietnia 1940 został aresztowany przez NKWD na plebanii kościoła św. Marii Magdaleny (w tym czasie wywożone ze Lwowa pociągiem były jego siostry Magdalena i Anna). Został uwięziony początkowo na Zamarstynowie, gdzie był brutalnie przesłuchiwany. 12 czerwca 1940 został wywieziony do więzienia Łubianka w Moskwie, skąd przeniesiono go do więzienia Lefortowo w tym samym mieście, a 8 maja 1941 zakończono śledztwo w jego sprawie. Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej z czerwca 1941, był w grupie Polaków, którzy w trybie pospiesznym zostali skazani na karę śmierci w lipcu 1941. Wraz z innymi skazańcami został ponownie osadzony na Łubiance, gdzie niespodziewanie nocą 1/2 września 1941 został zwolniony. W Moskwie ks. Cieński poznał gen.