Mikoflora Bieszczadów Zachodnich z wykazami grzybów z różnych grup systematycznych, zebranych na tym wcześniej niebadanym obszarze (1960, 1963, 1967, 1970).
Jej najbardziej wpływowymi publikacjami są monograficzne prace o polskich gatunkach grzybów Boletales (1960), Aphyllophorales (1967), Russula (1991), Lactarius (1998) i Pluteaceae (1999). Jako utalentowana malarka ilustrowała książki własnymi kolorowymi przedstawieniami grzybów.
Działała w Europejskim Towarzystwie Mykologicznym oraz Polskim Towarzystwie Botanicznym (od 1937), w tym także jako członek zarządu i przewodnicząca Sekcji Mykologicznej, która powstała z jej inicjatywy. Od 1960 była polskim korespondentem w „Comittee for Maping of Macromycetes in Europe”. Aktywnie upowszechniała osiągnięcia polskiej mykologii na forum międzynarodowym. Uczestniczyła we wszystkich 14 Kongresach Europejskich Mykologów od 1956 do 1990.
Duże znaczenie dla rozwoju badań mykologicznych w Polsce miało założenie przez Alinę Skirgiełło w 1964 czasopisma Acta Mycologica, wydawanego przez Polskie Towarzystwo Botaniczne. Od publikacji pierwszego numeru w 1965 przez 36 lat (do 2001) pozostawała jego redaktorką. Z początku wychodziło raz, później dwa razy w roku.