Wiosną tego samego roku islamiści ogłosili strajk generalny, który przerodził się w starcia ze zwolennikami rządzącego Frontu Wyzwolenia Narodowego. Przywódcy Frontu, Abbassi Madani oraz Ali Belhadj zostali aresztowani, co nie zmieniło ich stosunkowo dużego poparcia społecznego. W wyborach parlamentarnych, które odbyły się w 1991 roku, odnieśli oni sukces, osiągając 47–8% głosów. W 1992 roku grupa została pozbawiona władzy i zdelegalizowana przez armię.
Zwycięstwu wyborczemu islamistów sprzeciwiło się wojsko. W styczniu 1992 roku zmusiło do dymisji prezydenta Szadlia Bendżedida. Miejsce prezydenta przejęła junta wojskowa, z której inicjatywy w marcu 1992 roku wybory z 1991 roku unieważniono, a parlament rozwiązano. Islamiści odpowiedzieli na delegalizację terroryzmem. 26 września 1992 roku fundamentaliści dokonali ataku na lotnisku w Algierze. Zginęło 9 przypadkowych osób, a 128 zostało rannych. Z rąk islamisty zginął też przewodniczący junty Mohammed Boudiaf. Junta zareagowała na terroryzm ponownym osadzeniem w więzieniu liderów Frontu.