Pociski przeciwokrętowe najczęściej samonaprowadzają się aktywnie na cel za pomocą własnego radaru. Rzadziej stosowane są pociski samonaprowadzające się pasywnie, na obraz celu w podczerwieni. Pociski o większym zasięgu w początkowej fazie lotu lecą po zaprogramowanej trasie, posługując się nawigacją bezwładnościową lub są zdalnie sterowane radiowo, natomiast w końcowej fazie lotu samonaprowadzają się na cel.
Początkowo nie przykładano wagi do toru lotu pocisków przeciwokrętowych i leciały one do celu na wysokościach rzędu kilkuset metrów lub większych. W miarę jednak ulepszeń radarów okrętowych, zaczęto konstruować pociski zniżające lot w pewnej odległości od atakowanego celu, do kilku-kilkunastu metrów nad powierzchnią wody, w celu zmniejszenia możliwości ich wykrycia i zniszczenia. Niektóre pociski mogą być używane także przeciw celom lądowym (np. RBS-15 Mk.3), a z kolei część pocisków powietrze-ziemia (nie będących specjalnymi pociskami przeciwokrętowymi) może być także używana przeciw celom morskim (np. AGM-65 Maverick).
Jako głowice bojowe stosowane są najczęściej głowice odłamkowo-burzące o masie od kilkudziesięciu do kilkuset kilogramów materiału wybuchowego lub przeciwpancerno-burzące (zwykle kumulacyjne).