Początkowo ukrywa informacje o swojej mamie i jej chorobie przed zespołem. Ale i tak wychodzi to na jaw. W sezonie drugim zostaje porwany przez psychopatę Tobiasa Henkla (odc. 15). Torturuje go i wstrzykuje mu narkotyki, przez co Reid się uzależnia. Do końca sezonu walczy z uzależnieniem, a w ostateczności decyduje się na terapię. W 6 sezonie, w odcinku 12, cierpi na halucynacje i uciążliwe bóle głowy. Robi badania, między innymi w kierunku schizofrenii, która jest dziedziczna. Na szczęście wszystkie wyniki są prawidłowe, ale bóle głowy nie mijają. W 4 sezonie Spencer ma koszmary, w których widzi zwłoki małego chłopca w piwnicy rodzinnego domu (odc. 6). Niebawem zaczyna przypominać sobie różne zdarzenia i łącząc fakty, podejrzewa swojego ojca o morderstwo dziecka. Morgan i Rossi pomagają mu rozwiązać tę zagadkę (odc. 7). Wtedy też Reid po raz pierwszy spotyka się z ojcem, którego nie widział od wielu lat. W odcinku 24 zostaje przypadkowo zainfekowany nowym, nieznanym nikomu szczepem śmiercionośnego wąglika. W pierwszym odcinku sezonu 5, chroniąc lekarza przed strzałem przestępcy, zostaje ranny w lewe kolano. Do odcinka 11 porusza się o kulach i o lasce. W sezonie 8 Spencer w każdą niedzielę dzwoni z budek telefonicznych do dr Maeve Donovan, która jest genetykiem.