W lipcu 2000 Ehud Barak rozpoczął negocjacje z przewodniczącym Autonomii Palestyńskiej Jasirem Arafatem. Rozmowy prowadzono w Camp David, z udziałem amerykańskiego prezydenta Billa Clintona. Barak złożył Arafatowi propozycję zakończenia konfliktu izraelsko-palestyńskiego, idąc na największe ustępstwa w dziejach (m.in. uznając podział Jerozolimy na części żydowską i arabską, w której miałaby powstać stolica przyszłego państwa palestyńskiego). Arafat jednak odrzucił te propozycje. W konsekwencji, 28 września 2000 wybuchło palestyńskie powstanie intifada Al-Aksa. Wobec fiaska wysiłków pokojowych i rozpadu koalicji rządowej, Ehud Barak ogłosił 10 grudnia przyspieszone wybory. Swoje obowiązki pełnił do 7 marca 2001, kiedy to przegrał w bezpośrednie wybory premiera z liderem opozycyjnego Likudu, Arielem Szaronem. Po klęsce wyborczej Barak zrezygnował z funkcji przewodniczącego Partii Pracy i wycofał się z życia politycznego.