Przystąpił bezzwłocznie ze spotkanymi oficerami i osobami cywilnymi do organizowania ruchu oporu. Po krótkim działaniu w konspiracji został aresztowany przez Niemców 4 lutego 1940 oraz wywieziony do Oflagu VI B Dössel, a następnie do Oflagu II D Gross-Born.
Po wojnie Po wyzwoleniu obozu jenieckiego, w którym przebywał do 5 lutego 1945 udał się do Lublina"Życiorys" płk. Emila Czaplińskiego; ze zbiorów rodziny pułkownika.. Do Wojska Polskiego został przyjęty dnia 20 marca 1945. Dnia 14 stycznia 1947, objął stanowisko Komendanta Miasta Lublina"Charakterystyka służbowa na Komendanta miasta Lublina płk. Czaplińskiego Emila, s. Kazimierza" z kwietnia 1947. i sprawował szefostwo Wydziału Wojsk Ochrony Pogranicza III kategorii przy dowództwie Lubelskiego Okręgu Wojskowego (od sierpnia 1945 lub 1946). Z racji pełnionej funkcji podlegał mu 7 Oddział Ochrony PograniczaJan Ławski, Czesław Żmuda, Wojska Ochrony Pogranicza..., s. 40. Uczestniczył w walkach z UPA. Po dwóch latach służby za udział wraz z wojskiem we Mszy Świętej Rezurekcyjnej został dnia 10 maja 1947 usunięty z wojska bez prawa noszenia munduru oraz bez prawa do emerytury (rozkaz Nr. 3686 z dn. 10 maja 1947 r.)Tymczasowe zaświadczenie o demobilizacji Nr 2430/47..