Po kilkudniowych rozmowach Japonia zrezygnowała z szeregu żądań. W zawartym układzie pokojowym Rosja zgodziła się na prawo Japonii do dzierżawy Półwyspu Liaotuńskiego wraz z Port Arturem i portem Dalian, Południowomandżurskiej Linii Kolejowej od Port Artura do Chanchuana, południowej części wyspy Sachalin (do 50 równoleżnika). Rosja uznawała Koreę za strefę wpływów Japonii. Jednak Japonia zobowiązała się nie czynić niczego, co by wpływało ujemnie na suwerenność Korei. Rosja zgodziła się na zawarcie z Japonią konwencji o rybołówstwie. Obydwie strony zgodziły się na wycofanie wojsk z Mandżurii, nieprzeszkadzanie prowadzenia wzajemnego handlu, jak i handlu z innymi krajami. Układ przewidywał, że strony nie będą prowadziły działań utrudniających pływanie statków przez Cieśninę Tatarską i Cieśninę La Pérouse’a. Japonia zobowiązała się do eksploatacji Południowomandżurskiej Linii Kolejowej tylko w celach handlowych i do niefortyfikowania wyspy Sachalin.
Po zawarciu pokoju niektóre kręgi polityczne w Japonii żądały dalszego prowadzenia wojny i doprowadziły do odejścia Komury. Po długotrwałych walkach politycznych wewnątrz krajów obie strony ratyfikowały warunki pokoju zawartego w Portsmouth.