Podczas swych podróży Jundziłł wszędzie spotykał się z miejscowymi botanikami, obserwował rośliny miejscowe i egzotyczne, dostępne w tamtejszych ogrodach botanicznych, poznawał tajniki hodowli roślin egzotycznych i rozwiązania techniczne zastosowane w szklarniach. Od czerwca 1794 r. (ostatni rozbiór) skończyły się wypłaty stypendium lecz dzięki temu, że wcześniej nie tracił czasu i pilnie się uczył, szybko dostał zlecenie na zorganizowanie ogrodu botanicznego z roślinami lekarskimi przy wiedeńskiej Szkole Weterynaryjnej. Wywiązał się z tego doskonale a przy okazji poznał organizację szkoły weterynaryjnej i wysłuchał wielu wykładów. Stał się znanym specjalistą od ogrodnictwa. Nawiązał kontakty z Hugo Kołłątajem (spotkał go w Dreźnie), Ignacym Potockim oraz księżną Izabelą Czartoryską uzyskując u nich pomoc w najtrudniejszych chwilach. Już po powrocie do Wilna, od wielu z tych znajomych otrzymywał przesyłki z różnymi roślinami do swego ogrodu botanicznego. Podczas pobytu w Wiedniu studiował anatomię zwierząt, fizjologię, patologię, terapię, farmaceutykę no i oczywiście chemię, zoologię i botanikę.