Będąc przejazdem w Malborku odmówił zwiedzania krzyżackiego zamku, co skomentował w pamiętniku: "odwróciłem oczy od nieczystego gniazda[...]z włóczęgów całego świata złożonego zakonu...”Wanda Grębecka, Stanisław Bonifacy Jundziłł (1761-1847),Warszawa-Lida 2003 Pod koniec swej kariery uniwersyteckiej Jundziłł popadł w konflikty z nowymi wykładowcami. Konflikt z Frankiem powstał na tle jego dość wesołego trybu życia, który dla człowieka wychowanego w zakonie był dość rażący. Konflikt z Ludwikiem Bojanusem i Forsterem powstał na tle ich kosmopolityzmu i braku patriotyzmu (np. Bojanus na okres kampanii napoleońskiej wyjechał do Petersburga, nie troszcząc się zupełnie o swój wydział i eksponaty). Jundziłł mimo niewątpliwego patriotyzmu, zwalczał na uczelni filomatów i filaretów za mało racjonalne podejście do sprawy (początki Romantyzmu) no i ze względu na groźbę zamknięcia uczelni przez władze carskie, co jak przewidział i tak nastąpiło w 1832 r. Ogród botaniczny uległ wtedy stopniowemu zniszczeniu. Jundziłł coraz bardziej podupadał na zdrowiu, na domiar oślepł zupełnie.
Zmarł 15 kwietnia 1847 w Wilnie. Pochowano go na cmentarzu Bernardyńskim. Józef Jundziłł wystawił w tym miejscu pomnik z napisem Historyi naturalnej w Kraju rozkrzewiciel, Ogrodu Botanicznego w Wilnie twórca. Jego imieniem nazwano ulicę na Kojranach w Wilnie.