Nie został powołany do służby wojskowej, a od wybuchu wojny pracował w berlińskim biurze architektoniczno-inżynierskim Waltera Schlemppa, zajmował się planowaniem i budową obiektów cywilnych i wojskowych (w tym budową mieszkań dla zagranicznych robotników przymusowych), najpierw w Peenemünde, a od 1943 w środkowych Niemczech.
W 1945 został członkiem CDU. W 1946 został wybrany do landtagu Nadrenii Północnej-Westfalii, a od 1947 do 1952 był ministrem żywności, rolnictwa i leśnictwa w rządzie landowym. Od 1953 do 1959 sprawował funkcję federalnego ministra ds. wyżywienia, rolnictwa i leśnictwa. lewo|mały|231x231px|Grób rodzinny Heinricha Lübke W latach 1959–1969 był prezydentem Republiki Federalnej Niemiec. Ze względów zdrowotnych zrezygnował ze stanowiska przed upływem kadencji. W czasie sprawowania prezydentury zasłynął z wielu spektakularnych gaf, m.in. podczas wizyty w Liberii miał rozpocząć przemówienie od słów: „Panie i Panowie! Kochani Murzyni”. Przez wpadki językowe polegające na dosłownym tłumaczeniu niektórych niemieckich zwrotów i idiomów na angielski, powstało żartobliwe określenie – Lübke Englisch.