Działalność od 1999 W połowie 1999 powrócił na stałe do Słowenii, zaangażował się w działalność polityczną w ramach Słoweńskich Chrześcijańskich Demokratów. Po zjednoczeniu ze się tego ugrupowania oraz Słoweńskiej Partii Ludowej został wiceprzewodniczącym wspólnej formacji SLS+SKD.
3 maja 2000, po upadku centrolewicowego gabinetu Janeza Drnovška, Andrej Bajuk stanął na czele rządu, tworzonego przez centroprawicową koalicję. W sierpniu tego samego roku odszedł z SLS+SKD i wraz z grupą stronników (do których należał m.in. Lojze Peterle) powołał partię Nowa Słowenia. Został też wybrany do Zgromadzenia Państwowego w wyborach krajowych. 16 listopada 2000 na urzędzie premiera zastąpił go ponownie Janez Drnovšek, któremu udało się uzyskać większość w parlamencie.
W 2004 lider NSi uzyskał reelekcję, zrezygnował jednak z mandatu poselskiego w związku z powołaniem go na funkcję ministra finansów w rządzie Janeza Janšy. Urząd ten sprawował przez cztery lata. W wyborach w 2008 Nowa Słowenia nie przekroczyła progu wyborczego.