Uznając rolnictwo za ważny potencjał prowincji (uważał, że Henan powinien być „spichlerzem zboża” dla całego kraju), jako gubernator Henanu wzywał także do realizacji programu „trzech przemian”: przyspieszonej industrializacji, urbanizacji i modernizacji rolnictwa. W ciągu siedmiu lat wzrost gospodarczy prowincji o 1,63% przekroczył średnią krajową, prowincja przesunęła się też w krajowym rankingu PKB per capita z 20. na 17. miejsce Poważnym problemem Henanu był rozprzestrzeniający się wirus HIV. Li Keqiang powziął kroki mające na celu walkę z chorobą i pomoc jej ofiarom, jednak jego zasługi w tej dziedzinie są podważane, pojawiają się nawet głosy wskazujące go jako winnego rozmiarów epidemii.
Od grudnia 2004 r. pełnił funkcję sekretarza Prowincjonalnego Komitetu KPCh Prowincji Liaoning (do 2007), a od 2005 do 2007 r. był także przewodniczącym Stałego Komitetu Zgromadzenia Przedstawicieli Ludowych Prowincji Liaoning. Gdy obejmował władzę w tej silnie zindustrializowanej prowincji, bankrutowały tam liczne państwowe przedsiębiorstwa, a przemysł nie nadążał za modernizacją bardziej nowoczesnych ośrodków.