W marcu 2002 wziął udział w wyborach prezydenckich. Według oficjalnych wyników przegrał z Robertem Mugabe (56,2%), zdobywając 41,9% głosów poparcia. Wybory w powszechnej ocenie zostały jednak w znacznej mierze sfałszowane. Zdarzały się częste przypadki używania przemocy, wpływania na media, manipulacji spisami wyborców oraz procesem samego zliczania oddanych głosów.
Prześladowania W październiku 2000 został aresztowany pod zarzutem zdrady stanu i zagrażaniu bezpieczeństwu prezydenta Roberta Mugabe Police consider Tsvangirai arrest, BBC News, 2 października 2000. Zaraz potem w Harare odbył się wiec poparcia 40 tysięcy zwolenników MDC, na którym domagano się wypuszczenia na wolność ich lidera. W późniejszym czasie zarzuty wobec Tsvangiraiego zostały oddalone.
W kolejnych latach osoba przywódcy opozycji była ciągłym celem ataków rządzących. W maju 2003 Tsvangirai został aresztowany pod zarzutem wzniecania przemocy krótko po tym, jak udzielił wywiadu na konferencji prasowej.