zajmował się również duszpasterstwem studenckim i wojskowym, w ramach tego ostatniego współpracując z ks. Eduardem Herrmannem, przyszłym biskupem pomocniczym warmińskim. 24 lutego 1866 mianowano Namszanowskiego generalnym duszpasterzem armii pruskiej, od czerwca 1868 w randze wikariusza apostolskiego z biskupią stolicą tytularną Agathopolis. Sakrę biskupią przyjął 11 października 1868 we Fromborku z rąk biskupa warmińskiego Filipa Krementza. Rezydował w Berlinie.
Początkowo należał do przeciwników dogmatu o nieomylności papieskiej, ale po jego przyjęciu przez Sobór watykański I zajął stanowisko ugodowe; występowaniem przeciwko starokatolikom naraził się władzom rządowym Prus, które zniosły duszpasterstwo wojskowe. W czerwcu 1873 Namszanowski przeniesiony został w stan spoczynku i osiadł w Oliwie. W 1896 otrzymał godność kanonika kapituły warmińskiej i przeniósł się do Fromborka, gdzie wspierał w pracy duszpasterskiej ordynariusza Andreasa Thiela.