Alpy Japońskie, znajdujące się w środkowej części wyspy, powodują zróżnicowanie klimatu pomiędzy wybrzeżem zachodnim od strony Morza Japońskiego a wschodnim od strony Pacyfiku. Układ ten powoduje, że w pewnych okresach występują dwie „pory roku” w odległości kilkunastu kilometrów od siebie: ciepła jesień od strony Pacyfiku i kilkumetrowe zaspy śniegu od strony „tylnej” Japonii. Alpy powodują bowiem zderzenie mas ciepłego powietrza znad Morza Japońskiego z zimnymi prądami napływającymi znad kontynentalnej Azji, a więc niezwykle obfite opady śniegu.

Populacja Na Honsiu żyje ok. 103 mln ludzi skoncentrowanych na niewielkim obszarze nizinnym. Na równinie Kantō, na której są miasta: Tokio, Jokohama, Kawasaki, Saitama mieszka prawie 35% z tej liczby.

Na zachodzie, na obszarze metropolitarnym Keihanshin składającym się w głównej mierze z Kioto, Osaki i Kobe mieszka ok. 17,5 mln ludzi. Inne ważne miasta to: Nagoja, Hiroszima i Sendai. Gęstość zaludnienia wynosi 452 osoby na 1 km² i jest to największy wskaźnik w całej Japonii.