W departamencie tym kierował też od października 1942 komórką pomocy więźniom.

Wraz z Władysławem Jamonttem był inicjatorem dokonanego w czerwcu 1944 zabójstwa szefa Wydziału Informacji Biura Informacji i Propagandy Armii Krajowej Jerzego Makowieckiego i jego zastępcy Ludwika Widerszala.

Okres powojenny mały|336x336px|Grób Witolda Bieńkowskiego na Cmentarzu Bródnowskim. W lipcu 1944 znalazł się na obszarach zajętych przez Armię Czerwoną, we wrześniu 1944 nawiązał kontakt z Bolesławem Piaseckim, w porozumieniu z nim podawał się następnie za delegata Rządu na terenie zajętym przez wojska radzieckie, jednak akcja ta nie udała się i została zdezawuowana przez Delegata Rządu na Kraj Jana Stanisława Jankowskiego. 5 grudnia 1944 został aresztowany przez władze radzieckie, następnie przebywał w więzieniach w Lublinie, Włochach i na warszawskiej Pradze, a także obozie NKWD w Rembertowie, skąd zbiegł w maju 1945. Następnie ponownie nawiązał kontakt z Bolesławem Piaseckim. Jesienią 1945 został redaktorem naczelnym nowo utworzonego pisma Dziś i Jutro. W 1947 został posłem na Sejm Ustawodawczy, był członkiem Katolicko-Społecznego Klubu Poselskiego (z Aleksandrem Bocheńskim i Janem Frankowskim). W tym samym roku został zastępcą redaktora naczelnego pisma Słowo Powszechne. W grudniu 1948 zerwał ze środowiskiem B.