Na koniec sezonu 2006/2007 zespół został zdegradowany do drugiej ligi, pomimo zajęcia w ekstraklasie 12. miejsca. W jego miejsce przywrócono CF Os Belenenses. Powodem karnej degradacji była tzw. sprawa Mateusa, byłego angolskiego piłkarza zespołu, gdy wykryto nieprawidłowości w podpisaniu kontraktu w chwili gdy piłkarz był zawodnikiem FC Lixa. W 2017 roku ogłoszono wyrok sądu, który zdecydował o przywróceniu Gil Vicente do portugalskiej ekstraklasy od sezonu 2019/2020.
Obecnie (sezon 2025/2026) występuje w rozgrywkach Primeira Liga.
Stadion i barwy klubowe Domowe mecze Gil Vicente rozgrywa na stadionie Estádio Cidade de Barcelos, który w sezonie 2004/2005 zastąpił wysłużony Estádio Adelino Ribeiro Novo. Nowy stadion może pomieścić ponad 12 tysięcy widzów i ma licencję UEFA.
Gil Vicente miewał różne barwy klubowe. Początkowo występował w czerwonych koszulkach, następnie zielonych oraz białych z poprzecznymi paskami. Z czasem wymieniono je na żółte i czerwone, a następnie niebieskie. Ostatnio Gil Vicente powrócił do barw czerwono-niebieskich.
Sukcesy 21 sezonów w Primeira Lidze: 1990–1997, 1999–2006, 2019– Mistrzostwo Liga de Honra: 1999, 2011 5.