W nocy na 16 grudnia pułk otrzymał zadanie być w gotowości wejścia do działań i rozśrodkowac się w rejonie Gdańsk-Emaus. O 14.00 szef Sztabu Generalnego WP rozkazał dowódcy 8 DZ przegrupować 36 pułk zmechanizowany do rejonu Kamienny Potok i tam przekazać go dyspozycji dowódcy Marynarki Wojennej. Generał Chocha o 19.05 16 grudnia wydał polecenie dowódcy Marynarki Wojennej by siłami 36 pz zorganizować ochronę najważniejszych instytucji i obiektów na terenie Gdyni. W godzinach nocnych 36 pz zorganizował ochronę: Stoczni Remontowej – siłami 2 batalionu piechoty zmotoryzowanej Miejskiej Rady Narodowej – siłami 9 kompanii piechoty zmotoryzowanej wzmocnionej czołgami poczty przy ul. Harcerskiej – siłami 3 kompanii wsparcia i baterii przeciwpancernych pocisków kierowanych KM PZPR, Banku i Poczty – siłami 1 kompanii piechoty zmotoryzowanej wzmocnionej czołgami 7 kompania piechoty zmotoryzowanej z kompanią saperów otrzymała zadanie ześrodkowania się w pobliżu Pogotowia Ratunkowego w gotowości do działania. Pozostałe pododdziały 36 pz rozmieszczono w rejonie Skwer Kościuszki jako odwód.