Wnętrze nakryte jest stropem płaskim, w nawie z zaskrzynieniami, wspartymi na słupach. Strop nawy zdobi renesansowa polichromia figuralno-ornamentalna z II połowy XVI wieku, odsłonięta w latach 1992-1994. Na stropie w prezbiterium widoczna dekoracja kasetonowa namalowana przez Jana Tabińskiego. Prezbiterium oddzielone jest od nawy belkami: stropową i tęczową (również zakonserwowaną w latach 1992-1994), na tej ostatniej umieszczona jest późnogotycka Grupa Pasyjna z XVI w., wykonana przez twórcę określanego jako Mistrz Pasji Przydonickiej a ufundowana przez Feliksa Milnera, rajcę bieckiego. Z prezbiterium do zakrystii prowadzi późnogotycki portal zamknięty łukiem w ośli grzbiet.
Wyposażenie wnętrza pochodzi z różnych okresów. W późnobarokowym ołtarzu głównym z przełomu XVII/XVIII wieku umieszczony jest późnogotycki obraz św. Anny z lat 1530-40. Przy tęczy znajdują się dwa barokowe ołtarze boczne. Po lewej stronie ołtarz Matki Boskiej z 1710 z wkomponowanym w polu środkowym obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem z 1763 roku. Po prawej stronie ołtarz św. Antoniego z 1690 roku z jego obrazem. W kaplicy ołtarz św. Jana Nepomucena z 1770. Oprócz Grupy Pasyjnej na uwagę zasługują wolnostojące: polichromowana gotycka rzeźba św. Wojciecha z lat 1430-40 i figura Matki Boskiej z Dzieciątkiem z końca XIV wieku.