Punktualnie o godzinie 16:00 nadano pierwszy oficjalny program Radia Orthodoxia.
Początkowy program był emitowany dwie godziny dziennie. Później kolejno zwiększano czas antenowy. W 2006 roku do 3 godzin, w 2010 do 4 godzin i od 1 listopada 2015 roku do 5 godzin.
Główna siedziba rozgłośni radiowej od początku istnienia mieści się przy parafii św. Ducha w Białymstoku. W pierwszym okresie działalności stacji nadajnik był umieszczony na kopule tamtejszej cerkwi. W 2012 roku przeniesiono system nadawczy do nowo wybudowanej dzwonnicy, a od 2018 roku zwiększono sygnał nadawczy do 5kW.
W 2020 roku uruchomiono nowe stacje nadawacze w Bielsku Podlaskim, Siemiatyczach i Sokółce. Od tego momentu Radio Orthodoxia obejmuje swoim zasięgiem południową część województwa podlaskiego.
W latach 2001–2016 dyrektorem radia był ks. Jan Kojło. Od 22 lutego 2017 roku funkcję tę pełni ks. Mateusz Kiczko. Z dniem 9 marca 2021 funkcję zastępcy dyrektora objęła Paulina Bojarska.