Do wyspecjalizowanych zapylaczy pajęcznicy liliowatej należy Merodon rufus z bzygowatych, jednak gatunek ten rejestrowany jest tylko w miejscach obfitego występowania pajęcznicy (ponad 10 tys. egzemplarzy). Z tak obfitymi populacjami wiążą się także większe zagęszczenia pszczół samotnic. Lokalnie jako prawdopodobnie głównego zapylacza wskazywane bywają też mrówki – wścieklica Sabuleta Myrmica sabuleti.
Do bezkręgowców ściśle związanych z pajęcznicą liliowatą należy także żywiąca się nią mszyca Aphis antherici.
Systematyka Pajęcznica liliowata jest jednym z trzech europejskich gatunków z rodzaju pajęcznica Anthericum z sekcji Anthericum. Jest alloploidem (2n = 60, 64) powstałym w wyniku skrzyżowania dwóch gatunków diploidalnych (2n = 30, 32). Jednym z gatunków rodzicielskich jest pajęcznica gałęzista A. ramosum, natomiast jako drugi wskazywany jest albo gatunek Anthericum baeticum – rosnący w Hiszpanii i północno-zachodniej Afryce (jego współczesny zasięg nie pokrywa się z pozostałymi gatunkami europejskimi tego rodzaju), albo rzadko rejestrowane diploidalne populacje A. liliago (znane z rejonu Alp i Danii, przy czym autorzy koncepcji nie wskazują pochodzenia z kolei tych populacji).