Zsyłki na Syberię odgrywały wielką rolę w rosyjskim systemie kar, oprócz kryminalistów kierowano tu także więźniów politycznych i jeńców wojennych. W XIX w. szczególnie liczną grupę wśród zesłańców stanowili Polacy, którzy przyczynili się do naukowego zbadania Syberii (m.in.: Aleksander Czekanowski, Jan Czerski, Benedykt Dybowski, Feliks Kon, Wiktor Godlewski, Bronisław Piłsudski, W. Witkowski).

Od 2. połowy XIX w. wzrost znaczenia gospodarczego, m.in. dzięki budowie Kolei Transsyberyjskiej (1891–1916). Początkowo baza surowcowa dla europejskiej części Rosji, później także rozwój przemysłu, głównie ciężkiego. W 1918, podczas rosyjskiej wojny domowej, Syberia znalazła się pod władzą A.W. Kołczaka, wspomaganego przez interwencyjne oddziały japońskie, amerykańskie, angielskie i francuskie. W 1920 armia Kołczaka została rozbita. W kwietniu 1920 proklamowano Republikę Dalekiego Wschodu, włączoną w 1922, po wycofaniu się wojsk japońskich, do Rosyjskiej Federacyjnej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej.

Na Syberii znajdowały się największe w ZSRR obozy pracy przymusowej, obozy koncentracyjne (m.in. w: Tobolsku, Tomsku, Norylsku, Jakucji, w dorzeczu Kołymy).