Ze względu na pionierski charakter gatunku stałą cechą zajmowanych przez niego stanowisk jest duża częstotliwość i intensywność oddziaływań powodujących ograniczane rozwoju roślinności konkurencyjnej. Do cech siedliska warunkujących rozwój pęczyny błotnej należy niewielka wysokość roślinności (optymalnie nie większa niż 20 cm) lub przynajmniej obecność luk (np. w szuwarach), brak ocienienia powodowanego przez drzewa i krzewy oraz brak konkurencyjnych gatunków ekspansywnych (silnie rosnących).