W całym swym zasięgu gatunek jest rzadko spotykany, na co wpływają zarówno specyficzne wymagania ekologiczne, jak i słaba zdolność do rozprzestrzeniania się na większe odległości. W południowej części zasięgu rośnie na obszarach górskich (np. w Hiszpanii i w Maroku – tam na wysokościach ponad 2300 m n.p.m.).
W Polsce pęczyna błotna występuje tylko na kilkunastu stanowiskach na Pomorzu Zachodnim i w Wielkopolsce. Na Pomorzu rośnie nad jeziorami Miedwie i Liwia Łuża. Na kilku innych dawnych stanowiskach gatunek nie został od wielu lat odnaleziony (m.in. w Troszynie, Połchowie, koło Polic i Kołbacza). W Wielkopolsce ma stanowiska skupione na Pojezierzu Gnieźnieńskim i Pojezierzu Leszczyńskim. W tym pierwszym potwierdzone współcześnie populacje znajdują się w miejscowościach: Giewartów, Skubarczewo i Ostrowo, a w drugim w rejonie miejscowości: Szreniawa, Osłonin i Brenno.
Morfologia Pokrój Naga, błyszcząca, płożąca bylina o pełzających rozłogach osiągających w siedliskach lądowych zwykle 10–20 cm, czasem do 50–60 cm, a rosnąc w wodzie nawet do 1–1,5 m długości. W węzłach rozłogi korzenią się i rozwijają liście, których czasem brak w węźle, z którego wyrasta szypuła kwiatostanu. Brak wzniesionych i ulistnionych pędów. Korzenie nitkowate.