Siedlisko Światłolubny gatunek pionierski na mokrej, bogatej w związki azotu glebie. Występuje nad brzegami wód, zwłaszcza jezior, w zbiorowiskach niskiej roślinności zalewanej poza sezonem wegetacyjnym oraz w lukach w szuwarach. Innym pierwotnym siedliskiem są niewielkie zagłębienia terenu, zalewane w okresie wiosennym i później wysychające, w Holandii także zagłębienia międzywydmowe na wybrzeżu morskim. W miejscach zalewanych zimą i wiosną, po spadku poziomu wody odsłaniana jest naga powierzchnia gleby, co umożliwia rozwój światłolubnej pęczynie błotnej. Sprzyja jej także zgryzanie konkurencyjnej roślinności przez zwierzęta. Wtórnym siedliskiem są pastwiska, zwykle rozległe (ponad 50 ha powierzchni), na których ekstensywnie wypasane jest bydło domowe, czasem też konie, także miejsca wydeptywane na brzegach wód, np. przy plażach i miejscach spuszczania (slipowania) łodzi oraz w obrębie terenów rekreacyjnych, w tym zagospodarowanych w formie trawników. Zbyt intensywne wydeptywanie i wypas zwierząt eliminuje jednak ten gatunek.