Przebieg konfliktu 1 lutego 2006 roku arcybiskup Józef Życiński wydał dekret o zakazie sprawowania w domu zakonnym sakramentów i sakramentaliów. 28 października 2006 roku Stolica Apostolska wydała dekret o wydaleniu ze zgromadzenia dziesięciu zbuntowanych sióstr posiadających śluby wieczyste. Te nie poddały się karze i nie opuściły budynków klasztornych. Wraz z nimi pozostała grupa postulantek, nowicjuszek i sióstr, których śluby czasowe wygasły. Do kobiet przyłączył się były franciszkanin Roman Komaryczko, wcześniej skonfliktowany ze swoimi zwierzchnikami i suspendowany.
3 lutego 2007 roku w liście pasterskim do mieszkańców Kazimierza Dolnego abp Życiński ogłosił decyzję Stolicy Apostolskiej ostatecznie potwierdzającą wyłączenie przebywających w klasztorze betanek ze wspólnoty zakonnej Kościoła katolickiego.
Zarząd Generalny Zgromadzenia Sióstr Rodziny Betańskiej rozpoczął starania o odzyskanie klasztoru. Do Prokuratury Rejonowej w Puławach złożono zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa naruszenia miru domowego. 25 kwietnia, 30 kwietnia, 8 maja i 29 czerwca 2007 roku Sąd Rejonowy w Puławach wydał wyroki orzekające eksmisję wobec 65 osób przebywających w klasztorze.