W XVIII wieku Baborów podlegał inspekcji podatkowej w Prudniku. Po wojnach śląskich znalazł się w granicach Prus i powiatu głubczyckiego. W 1746 w Baborowie znajdowała się wartownia pocztowa, podlegająca pod urząd pocztowy w Prudniku. W 1750 r. w mieście działały cechy szewców, kuśnierzy, tkaczy i kowali. Jeszcze w pierwszej połowie XIX wieku w mieście nasiliły się wpływy czeskie, w języku tym odprawiane były msze (niemieckie kazanie odbywało się raz na 6 tygodni) i uczono nim w szkołach, podczas gdy w pobliskich wioskach miejscowi Morawcy posługiwali się dialektem sułkowskim, zaliczanym do polskiego dialektu śląskiego. Dla pełnego rozkwitu miasta decydujące znaczenie miała budowa kolei żelaznej. Uroczyste otwarcie linii kolejowej Głubczyce - Racibórz nastąpiło w dniu 15 października 1856. Pod koniec XIX wieku powstały tu cukrownia i cementownia: w 1909 r. otwarto w Baborowie 3 cegielnie, 2 parowe młyny, słodownię, mleczarnię i fabrykę kafli. W mieście pojawiła się społeczność żydowska, przyśpieszyło to również proces asymilacji do kultury niemieckiej aż do pełnej germanizacji miasta w latach 20. XX wiekuAnaliza..., 2015, s. 20, 23.
W lutym 1919 roku na konferencji paryskiej Czechosłowacja wysunęła roszczenie terytorialne do Baborowa.