Dzięki nawiązaniu kontaktów z uczelniami niemieckimi i holenderskimi oraz pilotażowemu projektowi edukacyjnemu finansowanemu z funduszy UE, stworzono projekt utworzenia szkoły wyższej, kształcącej specjalistów z zakresu ochrony środowiska. Uczelnia została zatwierdzona decyzją ministra edukacji narodowej z 31 lipca 1998 r. pod nazwą Wyższa Szkoła Ochrony Środowiska. Była to pierwsza niepaństwowa szkoła wyższa w Bydgoszczy.
W momencie utworzenia uczelni, funkcjonowała jednowydziałowa struktura, w której w ramach ochrony środowiska wprowadzono dwie specjalności: projektowanie i ochronę krajobrazu oraz technikę ochrony środowiska. W 2004 na studiach dziennych i zaocznych, studiowało 850 studentów kształcąc się w czterech specjalnościach: agrozarządzanie, projektowanie i ochrona krajobrazu, technika ochrony środowiska, zarządzanie infrastrukturą komunalną.
W 2005 roku, w związku z rozwojem oferty edukacyjnej, decyzją Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego zmianie uległa nazwa uczelni na Wyższa Szkoła Środowiska. Kolejnym etapem rozwoju było wprowadzenie oferty kursów, studiów podyplomowych oraz dziennych dotyczących szeroko pojętej branży lotniczej. W 2006 r.