Podczas gdy trwały wewnętrzne spory polityczne, Państwo Wielkomorawskie utraciło dawniej zdobyte ziemie. W 894 roku Panonię tymczasowo przejęło Państwo Wschodniofrankijskie. Wschodni Frankowie uzyskali wpływy w Czechach, które po wzmocnieniu się Spitygniewa I w 895 roku również oderwały się od Wielkich Moraw. W 896 roku Węgrzy przejęli ziemie wzdłuż rzeki Cisy, tym samym bezpośredni sąsiedzi stali się ogromnym niebezpieczeństwem dla Państwa Wielkomorawskiego.
W 898 roku Mojmír II wysłał do Rzymu poselstwo prosząc papieża o odnowienie biskupstwa wielkomorawskiego. Samorząd kościelny po raz pierwszy ucierpiał po 885 roku, kiedy zostali wygnani uczniowie Metodego, i po raz drugi do końca rządów Świętopełka I, kiedy z kraju odszedł biskup nitrzański Wiching. Na przełomie lat 898 i 899 Wielkie Morawy zaatakowali Bawarowie, którzy dążyli do złamania władzy Mojmirowiców. Po tym wydarzeniu Mojmir II uwięził swojego brata Świętopełka II, który niebawem został wyzwolony przez swoich bawarskich sojuszników. Świętopełk II opuścił Wielkie Morawy wraz z Bawarami.
Po śmierci króla Arnulfa w 899 roku przybyli na Morawy księża z Rzymu, aby wyświęcić tutaj nowych słowiańskich biskupów.