Afiliacja do Papieskiego Wydziału Teologicznego w Poznaniu (1990-1998) 4 marca 1990 roku Kongregacja do Spraw Nauczania Katolickiego wydała dekret o afiliacji PIKCh do Papieskiego Wydziału Teologicznego w Poznaniu na okres pięciu lat (w 1995 r. wydłużonym na następne 6 lat). Dzięki temu uregulowana została sytuacja prawna Instytutu na płaszczyźnie Kościoła katolickiego. Całość studiów w Instytucie podzielona została na dwa cykle: filozoficzny (dwa lata) i teologiczny (trzy lata). W roku akademickim 1995/96 okres studiów przedłużono z pięciu do sześciu lat. W tym roku studiowało w Instytucie ogółem 316 studentów, a kadrę dydaktyczną stanowiło 26 wykładowców, w tym 12 profesorów Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie. Wykłady z teologii prowadzone były nadal w budynku przy ul. Grodzkiej 1, natomiast od kwietnia 1993 wykłady z filozofii odbywały się w adaptowanych pomieszczeniach przy ul. Farnej 2.