W 1474 r. Lewoczę odwiedził król Maciej Korwin i prawdopodobnie z tej okazji powstała południowa kruchta z kaplicą, zwaną korwinowskim oratorium. Po tej wizycie rozpoczęło się intensywne wyposażanie kościoła w kolejne ołtarze, zarówno w główny, jak i boczne. Przyczynił się do tego rozwój gospodarczy miasta i płynące z niego dochody, jak również kolejni proboszczowie, często wybitni humaniści, którzy bardzo starali się, aby ich świątynia nie ustępowała najznamienitszym w Europie.
Kościół szczęśliwie przetrwał dwa pożary miasta w XVI wieku, również reformacja nie wyrządziła poważniejszych szkód w jego wnętrzu (przez ponad 100 lat świątynią zarządzali ewangelicy). W latach 1706–1710 wspólnie gospodarzyły nim oba wyznania, a od 1710 r. do dziś niezmiennie katolicy. W XVIII wieku wielki pożar Lewoczy przeniknął trzema południowymi wejściami do środka, ale nie spowodował większych szkód. Po tym wydarzeniu postanowiono jednak zamurować wejścia do kościoła, z wyjątkiem jednego. Do poważniejszych prac remontowych należało wyłożenie posadzki piaskowcem oraz usunięcie nagrobków rodziny Turzonów sprzed głównego ołtarza. W latach 1852–1857 wybudowano nową wieżę (stara była w złym stanie technicznym), a nieco później dobudowano tylne kaplice boczne. W latach 90. XIX w. powstały widoczne do dzisiaj witraże, z kolei w 1911 r.