Jerzego (niedostępna dla zwiedzających) oraz zakrystia ze sklepieniami krzyżowymi, tworząca samodzielną całość.
Wyposażenie i wystrój wnętrza Najbardziej znanymi elementami wnętrza kościoła są ołtarze. Ołtarz główny św. Jakuba Apostoła to najwyższy gotycki ołtarz na świecie (18,62 metry – 60 lewockich stóp). Powstał w pracowni Mistrza Pawła z Lewoczy i prawdopodobnie on sam jest jego autorem. Rzeźbienie rozpoczęto w 1507, a zakończono w 1517 – początkowo ołtarz nie był złocony, ani pomalowany. Centralną częścią ołtarza jest skrzynia ołtarzowa, pośrodku której znajduje się wysoka na 2,43 m rzeźba Najświętszej Marii Panny. Na lewej ręce trzyma ona małego Jezusa, w prawej dzierży berło. Na jej głowę unoszący się aniołowie kładą koronę. Po prawej stronie Madonny stoi św. Jakub, patron kościoła, po lewej - Jan Ewangelista wskazujący kielich - symbol Eucharystii. Każda rzeźba została wykonana z jednego kawałka lipowego drewna. Na wewnętrznej stronie skrzydeł ołtarzowych widnieją płaskorzeźbione sceny z życia św. Jana na wyspie Patmos oraz ścięcie św. Jakuba w Jerozolimie – wszystkie postacie ubrane są w stroje z epoki.