Już kilka miesięcy wcześniej kalif formalnie uznał przewagę Barkijaruka wprowadzając jego imię do chutby. Nowy sułtan był teraz w stanie odeprzeć zamachy na swoją władzę powzięte przez ambitnych krewnych - wuja Arslana Arguna w Chorasanie, oraz w roku 1095, znacznie poważniejszy, drugiego wuja, Tutusza, który zginął w bitwie. Władza Barkijaruka w Iraku i Dżibalu była teraz mocno ugruntowana, jednak był zmuszony do pozostawienia jako w praktyce niezależnych władców synów Tutusza w Syrii oraz swoich przyrodnich braci - Muhammada Tapara i Ahmada Sandżara odpowiednio w Azerbejdżanie, i Chorasanie.
W 1099 roku Muhammad Tapar, popierany przez Sandżara i niedawnego wezyra Barkijaruka Mu'ajjada al-Mulka ibn Nizam al-Mulka, wszczął bunt. Dalsze dzieje panowania Barkijaruka to ciągłe wojny z Muhammadem, podczas których tureccy emirowie bezustannie przechodzili z jednej strony na drugą, nie chcąc dopuścić do powrotu silnej władzy centralnej, a z braku pieniędzy sułtan musiał się uciekać do desperackich środków w rodzaju konfiskaty prywatnych dóbr i korzystania z usług isma'ilickich żołnierzy, co ściągnęło na niego oskarżenia o ich faworyzowanie. 5 kwietnia 1101 roku w bitwie pod Hamadanem Barkijaruk pokonał swoich braci, co utwierdziło jego władzę w Iraku oraz zachodnim i centralnym Iranie.