W 1884 otrzymał godność kanonika honorowego kolegiaty pułtuskiej, a w 1888 został prałatem kapituły płockiej. Przez sześć lat (1892-1898) był delegatem tejże kapituły w kolegium duchownym w Petersburgu. Z czasów rządów parafią przasnyską ks. Czaplińskiego pochodzi kościół w Rostkowie, miejscu urodzenia św. Stanisława Kostki. Wzniesiono go w latach 1895-1900, a ks. Czapliński dokonał jego poświęcenia.
W 1908 został uwolniony od obowiązków dziekana (został nim proboszcz Bogatego, ks. Ignacy Dzierżanowski). W 1911 zarządcą parafii przasnyskiej został ks. Józef Piekut. Formalnie proboszczem pozostawał nadal ks. Czapliński, któremu pozostawiono pensję i mieszkanie i który w 1913 obchodził jubileusz 70-lecia kapłaństwa. Przebywając czasowo w Warszawie, zapadł na zdrowiu. Zmarł po kilkutygodniowej chorobie w wieku 93 lat.
Odznaczenia Order św. Stanisława IV klasy (1898) Order św. Włodzimierza III klasy (1901)
Bibliografia Alfred Borkowski, Przasnyskie portrety • Część pierwsza, Przasnysz 2004, Związek Literatów Polskich Oddział w Ciechanowie i Towarzystwo Przyjaciół Ziemi