Główną trudnością jest synteza geopolimerów, ponieważ nie wiadomo, czy powstały materiał jest geopolimerem, czy też kompozytem złożonym z faz amorficznych (C-S-H lub C-A-S-H) i krystalicznych (zeolity, hydrogranaty itp.). Podobnie sytuacja wygląda z porowatością (mezoporowatość), nie wiadomo jaka jest, bo nie wiadomo jakiego materiału porowatość jest badana. Istnieją materiały zawierające geopolimery, które są bardzo zwarte (o niskiej porowatości), jak i takie, których porowatość jest znaczna.
Struktura fizykochemiczna geopolimerów jest bardzo zróżnicowana w zależności od proporcji pierwiastków, pochodzenia materiałów surowcowych (szczególnie pucolany) oraz warunków syntezy. Badania tego tematu są jak na razie w początkowej fazie.
Rodzaje geopolimerów Geopolimery dzielone są na trzy główne klasy: PS – polisialan (polysialate); podstawową jednostką łańcuchów polimerycznych jest Si-O-Al-O PSS – poli(silokso-sialan) (poly(sialate-siloxo)); podstawową jednostką łańcuchów polimerycznych jest Si-O-Al-O-Si-O PSDS – poli(disilokso-sialan) (poly(sialate-disiloxo));