Od tego momentu nazwa Fredeck występuje przez dłuższy czas sama i dotyczy głównie samego zamku.
Wiek XVI Wiek XVI był dla ziemi chełmińskiej, jak i dla Wąbrzeźna okresem względnego spokoju i normalizacji sytuacji, zarówno politycznej, jak i ekonomicznej.
W odbudowanym już zamku 10 stycznia 1534 roku biskup chełmiński Jan Flashsbinder z Gdańska zwany Dantyszkiem, potwierdził stare i nadał nowe przywileje miastu. Do zamku wąbrzeskiego należały wówczas: Podzamek, Mszano, Zgniłobłoty, Myśliwiec, Prusy i Sitno. W 1558 roku biskup Piotr Kostka kazał sobie potwierdzić na nowo przez króla tytuł własności miasta.
Wiek XVII W czasie I wojny szwedzkiej (1625-1629) wojska szwedzkie w 1626 roku pod dowództwem feldmarszałka Karola Gustawa Wrangla zajęły Prusy Królewskie. Pomimo że plądrowały one również i ziemię chełmińską oraz okolice Wąbrzeźna, zamek wąbrzeski nie ucierpiał. Szwedzi opuścili te tereny dopiero w 1635 roku po podpisaniu pokoju w Sztumskiej Wsi. 26 marca 1639 roku biskup Jan Lipski, przed wyjazdem do Łowicza, pisał na zamku wąbrzeskim dla swojego następcy sprawozdanie ze stanu diecezji. Po tej dacie zamek wąbrzeski nie jest już wymieniany w dokumentach biskupich, jednak do połowy XVII w. uznawany był za rezydencję biskupa.