W czasie I rozbioru Polski we wrześniu 1772 roku, Wąbrzeźno znalazło się w zaborze pruskim i w roku następnym ok. święta św. Jana Chrzciciela (24 czerwca) nastąpiło przejęcie dóbr biskupich na własność króla pruskiego Fryderyka Wilhelma II. Wąbrzeźno stało się własnością państwa pruskiego. Właścicielem ruin zamkowych i terenu zamku została gmina Podzamek. Przy biskupie Jędrzeju Ignacym Bayerze pozostały zamki w Starogrodzie i Lubawie. Podczas opisów miasta przez urzędników pruskich, zamek wąbrzeski nie jest już wspominany. W 1780 roku jego mury obwodowe były względnie dobrze zachowane i jeszcze 50 lat później ich wysokość wynosiła ok. 9 m. Z jego fundamentów można było odczytać również plany poszczególnych budowli. W 1792 roku spaliło się miasto i król pruski Fryderyk Wilhelm II, na prośbę mieszkańców zezwolił im na odbudowę swoich domostw z ruin zamkowych.
Od XIX wieku W okresie wojen napoleońskich Wąbrzeźno wróciło pod panowanie polskie i podlegało w latach 1807–1815 pod Departament Bydgoski.