Swój pierwszy tytuł mistrza Waterford zdobył w sezonie 1965/66 i był to początek licznych sukcesów klubu na arenie krajowej. W następnym sezonie klub zadebiutował Pucharze Mistrzów. Pierwszym przeciwnikiem był reprezentujący wschodnioniemiecką armię zespół Vorwärts Berlin. Na Dalymount Park Waterford został rozgromiony 1:6, a we wschodnim Berlinie 0:6.
Klub w sezonie 1968/69 kolejny raz zdobył tarczę. Następnie Waterford trzy razy z rzędu zdobył tytuł mistrza - w 1968, 1969 i 1970. W 1971 mistrzem został Cork Hibernians, jednak w 1972 i 1973 znów mistrzem był Waterford (jednym z zawodników mistrzowskiej drużyny był wielokrotny reprezentant Polski, Piotr Suski). W następnym sezonie nie udało się sięgnąć po mistrzostwo i jedynym pocieszeniem był puchar ligi (Football League of Ireland Cup). W 1980 roku klub zdobył puchar Irlandii (FAI Cup) pokonując w finale St. Patricks Athletic. Był to ostatni sukces klubu pod starą nazwą Waterford F.C.