Kolejne lata życia Giovanniego nie są znane. Wiadomo, że został oratorem papieskim. W 1529 rozpoczął starania o odzyskanie księstwa Camerino, występując przeciwko jego dziedziczce, Giulii Varano. Wspierał go w tych poczynaniach Alfons I d’Este. Infant Rzymski powoływał się przy tym na inwestyturę nadaną mu przez papieża Aleksandra VI. Borgia udał się w tej sprawie do cesarza Karola V, przebywającego w tym czasie w Bolonii. Spór uciął 7 czerwca 1532 papież Klemens VII, zakazując Giovanniemu występowania przeciwko dziedziczce Camerino.
Część badaczy podaje, że Giovanni zmarł w 1547 w Genui. Informacje te opierają się na liście z 19 listopada 1547 adresowanym do Ercolego II d’Este (syna Alfonsa I i Lukrecji) – znajduje się tam wzmianka o śmierci Infanta Rzymskiego. Według tego listu zmarł w Genui, nie pozostawiając testamentuF. Gregorovius, Lucretia Borgia, b.m. 2003, s. 343.. Inni twierdzą, że żył jeszcze w 1548, kiedy sądził się z jedną ze swoich dłużniczekM. Bellonci, Lukrecja Borgia, jej życie i czasy, Warszawa 1988, s. 698-699.. W literaturze można spotkać się ze stwierdzeniem, że zmarł przed 1550.
Giovanni w literaturze Wokół osoby Giovanniego toczy się akcja historycznej powieści holenderskiej pisarki Helli S. Haasse pt. Szkarłatne miasto (1952). Giovanni występuje również w powieści Maria Puzo pt.