Następnym filmem Verhoevena była słabo przyjęta, oceniana przez NC-17 Showgirls (1995), o striptizerce z Las Vegas, która próbuje zrobić karierę jako tancerka. Film zdobył siedem nagród Złotej Maliny, w tym najgorszy film i najgorszy reżyser; Verhoeven został pierwszym reżyserem, który osobiście odebrał nagrodę. Potem film odniósł sukces na rynku domowych nagrań wideo, generując ponad 100 mln dolarów z wypożyczeń wideo i stał się jednym z 20 największych bestsellerów wszech czasów MGM.
Zasiadał w jury konkursu głównego na 64. MFF w Wenecji (2007). Był przewodniczącym analogicznego jury na 67. MFF w Berlinie (2017). 1 kwietnia 2010 wydał książkę pt. Jezus z Nazaretu.
W kwietniu 2017 ogłosił prace nad nowym filmem francuskojęzycznym Benedetta, biografii zakonnicy Benedetty Carlini z Virginie Efirą i Charlotte Rampling w rolach głównych, do którego zdjęcia rozpoczęły się w sierpniu tego samego roku. Obraz miał swoją premierę w konkursie głównym na 74. MFF w Cannes w 2021.
Życie prywatne 7 kwietnia 1967 poślubił Martine Tours, z którą ma dwie córki, Claudię (ur. 1972) i Helen (ur.