między Turzynem a Drzetowem położono drugi tor, a 10 lat później zlikwidowano drugi tor między Policami a Jasienicą. Ostatnim pociągiem dalekobieżnym kursującym z/do Niebuszewa był w 2000 r. Czcibor do/z Wrocławia Głównego. 30 września 2002 r. pojechał ostatni pasażerski pociąg na linii 406. Po elektryfikacji głównym taborem obsługującym linię były EZT z serii EN57. Linia jest czynna tylko dla pociągów towarowych, głównie kursujących do/z Zakładów Chemicznych Police S.A. W roku 2008 próbowano przywrócić ruch pasażerski w sezonie letnim, lecz uruchomienie przejazdów zostało wstrzymane ze względu na zdewastowane dworce i sprzeciw burmistrza Gminy Police.
Ze względu na miejski charakter linii (w granicach administracyjnych Szczecina i Polic znajduje się ok. 80%), na jej niespełna 36-kilometrowej trasie znajdują się aż 23 wiadukty, w tym 14 nad torami, 8 pod nimi, jedna kładka dla pieszych oraz 21 przejazdów kolejowo-drogowych.
24 lipca 2018 r. PKP PLK podpisały z przedsiębiorstwem Trakcja PRKiI umowę na remont linii kolejowej na odcinku od stacji Szczecin Główny do stacji Police.