został kanonikiem poznańskim (1511), gnieźnieńskim (1514), łęczyckim, wiślickim oraz sekretarzem królewskim i urzędowym historiografem Zygmunta Starego, potem kantorem i kanonikiem krakowskim (1523). Według A. Birkenmajera był także przez pewien okres profesorem na wydziale prawnym Akademii Krakowskiej. Był humanistą i żarliwym katolikiem.
Kartograf thumb|250px|Mapa Bernarda Wapowskiego Od roku 1511 współpracował z kartografem Marco Beneventano przy opracowywaniu przeróbki mapy Europy Środkowej oraz nad krytycznym wydaniem Geografii Ptolemeusza Klaudiusza. W roku 1515 powrócił do kraju, zostając sekretarzem króla. W 1526 roku ukazały się dwie pierwsze wydane w Polsce mapy, będące właśnie jego dziełem. Przedstawiały one: Europę między Toruniem i Konstantynopolem oraz Europę pomiędzy ujściem Donu oraz Poznaniem. Jednocześnie mapy były pierwszymi kompletnymi mapami przedstawiającymi ziemie Rzeczypospolitej. Do dzisiaj zachowała się kopia części jednej z map, pozwalająca ustalić, iż polski kartograf prawdopodobnie jako pierwszy poprawił błąd Ptolemeusza związany z położeniem Morza Czarnego.