Na południowo-zachodnich stokach, opadających ku dolinie Brennicy, ok. 25 m poniżej przełęczy oddzielającej Stołów od Trzech Kopców, znajduje się Jaskinia w Stołowie. Otwór wejściowy znajduje się w wyraźnym rowie zboczowym i został odsłonięty w gruzowisku piaskowcowym w 1970 r. Długość korytarzy 21 m. Strop partii wejściowych jaskini grozi zawaleniem i nie zaleca się jej eksploracji!. Na stokach Stołowa, opadających ku dolinie Brennicy, na wysokości 970 m n.p.m. znajduje się także wejście do Jaskini Głębokiej w Stołowie. Odkrycie jaskini w 2003 r. zostało uznane za jedno z największych osiągnięć speleologicznych ostatnich lat w Polsce. Z długością 554 m i głębokością 25 m jest jedną z większych jaskiń polskich Karpat fliszowych. Na Stołowie jest jeszcze kilka innych jaskiń; wykaz jaskiń na Geoportalu wymienia jeszcze inne: Dziura w Stołowie, Dziura w Stołowie Druga, Jaskinia Ciasna w Stołowie, Jaskinia w Stołowie Druga, Jaskinia w Stołowie Trzecia, Schron w Stołowie, Szczelina w Stołowie.
Przez szczyt Stołowa biegnie granica między