Historia odkryć mały|lewo|408x408px|Przekrój jaskini Jaskinia była znana od dawna, ze względu na obszerny otwór. Pierwsza drukowana wzmianka znalazła się w przewodniku z 1860 r., autorstwa Eugeniusza Janoty. W 1877 r. Towarzystwo Tatrzańskie zbudowało ścieżkę turystyczną do wylotu jaskini. Pierwsi turyści szybko wyzbierali łatwiej dostępne kości niedźwiedzia jaskiniowego i innych zwierząt, a także stalagmity znajdujące się wówczas w początkowych partiach jaskini (do czasów współczesnych nie zachowały się żadne ich okazy). Dopiero w roku 1900 odkryto nowe pokłady szczątków kostnych, które zachowały się w namulisku. W późniejszych latach wielokrotnie prowadzono na ich temat liczne badania naukowe. W 1907 r. Mariusz Zaruski zorganizował wyprawę, podczas której eksplorował nowe korytarze i dotarł do partii za Komorą pod Progiem.

W okresie międzywojennym doszło do zniszczenia namuliska przez jego chaotyczne rozkopywanie. W 1937 i 1949 Albin Jura prowadził prace wykopaliskowe, po których ogłosił istnienie dowodów na bytność w jaskini człowieka pierwotnego (ostatecznie okazało się, że rzekome „narzędzia” były wygładzonymi przez wodę kośćmi).