W celu zapewnienia porozumienia, razem z innymi deputowanymi, obrońcami praw człowieka i dziennikarzami był dobrowolnym zakładnikiem oddziału Basajewa.
Należał do otwartych krytyków tendencji autorytarnych w administracjach Borysa Jelcyna i Władimira Putina. W roku 1996 zrezygnował ze stanowiska w prezydenckiej komisji B. Jelcyna. W 2002 zorganizował społeczną komisję dla zbadania okoliczności zamachów bombowych z 1999 roku (Komisja Kowalowa), której prace zostały sparaliżowane po tym, gdy skrytobójczo zamordowano jednego z jej członków, Jurija Szczekoczichina, śmierci innego – Siergieja Juszenkowa, który został otruty talem, oraz aresztowaniu Michaiła Trepaszkina – zajmującego się kwestiami prawnymi organizacji. W kwietniu 2014 roku, w związku z kryzysem krymskim, zaapelował w liście otwartym do społeczności międzynarodowej o powstrzymanie rosyjskiej ekspansji na Ukrainie09.04.2014 Putin traci cierpliwość – nie chce już „dotować Ukrainy” w serwisie polskieradio.pl, data 2014-4-09 [dostęp 2014-04-10]..
W 2005 r. wystąpił w czteroczęściowym dokumencie telewizyjnym, opowiadającym historię antyradzieckich ruchów dysydenckich pt.